Hồi mới ra đời và mới đi vào hoạt động, VPF đã từng có một cái hồn. Cái hồn ấy bắt đầu với một màn "nã pháo" kinh thiên động địa của cựu bầu Nguyễn Đức Kiên nhắm vào VFF và sau đó là những "cú pháo" tiếp theo xung quanh vấn đề bản quyền truyền hình, vấn đề sử dụng nhân sự ở bộ phận điều hành VFF và ở Ban Trọng tài được thành lập nhanh chóng thay cho một Hội đồng Trọng tài cũ kỹ, theo đúng quy định của FIFA.