Gần như chắc chắn không thể dự U20 World Cup 2017 tại Hàn Quốc nhưng Phan Thanh Hậu vẫn chứng tỏ mình xứng đáng dù chỉ ở dạng dự phòng của U20 Việt Nam.
Sau Tiến Dụng phải chia tay U20 Việt Nam thì đến lượt tiền vệ Thái Quý và Thanh Hậu cũng phải rời đội vì chấn thương không kịp bình phục cho U20 World Cup.
Phan Thanh Hậu tiếp tục chứng minh sức bền của mình ở U20 Việt Nam trong cự ly 10km trên biển sáng 27/3/2017, trong tốp đầu có Tấn Sinh và Tống Anh Tỷ.